Органы, которые утратили свою функцию в процессе эволюции, называются…?

Ответ: Органы, утратившие свою функцию в процессе эволюции, называются рудиментами.
Рудименты — это недоразвитые структуры, утратившие своё основное значение в ходе эволюции, но сохранившиеся у организмов (например, аппендикс у человека, остатки тазовых костей у китов).
Отличие от других терминов:
Атавизмы — появление у отдельных особей признаков, свойственных далёким предкам (например, хвост у человека), но не являющихся нормой для вида.
Ароморфозы — прогрессивные изменения, повышающие уровень организации (например, возникновение четырёхкамерного сердца).
Факультативы — не является биологическим термином, относящимся к эволюции.